Nonostante le perplessità manifestate da alcuni club anche nella serie D 2016/2017. le formazioni partecipanti saranno divise col criterio geografico nord/sud invece del più tradizionale est/ovest. Nel girone Nord 9 squadre: Marsala, Virtus Trapani, Alcamo, Cus Palermo, Gm Plaermo, Torrenova, Or.Sa. Barcellona, Milazzo e Amatori Messina. Nel girone Sud 8 squadre: Invicta Caltanissetta, Grottacalda Piazza Armerina, Santa Croce Camerina, Adrano, Aci Bonaccorsi, Acireale, Mascalucia, Giarre. Andrà modificata la formula delle Doa regionali Sicilia che prevedevano due gironi da 9 squadre, oppure ci sarà una riapertura dei termini per rendere omogenei i due gironi, che comunque prevederanno obbligatoriamente un turno di riposo.
